Vướng mắc trong thực hiện miễn thuế cho các tờ khai đăng ký trước ngày 1-9-2016

Để thực hiện khoản 2 Điều 21 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, Bộ Tài chính có hướng dẫn tại mục XII công văn số 12166/BTC-TCHQ ngày 31-8-2016 của Bộ Tài chính về việc triển khai thực hiện các quy định của Luật thuế XK, thuế NK” và Tổng cục Hải quan hướng dẫn tại Công văn số 8621/TCHQ-TXNK ngày 8-9-2016 của Tổng cục Hải quan về việc xử lý thuế.

Theo đó, các tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất đăng ký trước ngày 1-9-2016 đang trong thời gian ân hạn, cơ quan Hải quan có thông báo để người nộp thuế chủ động kê khai chuyển mục đích trên tờ khai mới với số lượng hàng hóa và số tiền thuế đề nghị miễn tương ứng, đồng thời xử lý nghiệp vụ liên quan để miễn thuế cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, thực hiện các nội dung hướng dẫn này sẽ gặp các vướng mắc sau:

Thứ nhất, theo quy định tại Thông tư 172/2010/TT-BTC thì trường hợp này không thuộc đối tượng không thu lệ phí thủ tục hải quan. Vậy, cơ quan hải quan có phải thu lệ phí làm thủ tục hải quan hay không? Nếu phải thu thì rất bất cập, doanh nghiệp sẽ phản ứng vì phải đóng phí 2 lần cho một lô hàng.

Thứ 2, việc khai tờ khai mới trên hệ thống VNACCS/VCIS sẽ không chấp nhận tỷ giá nguyên tệ, thuế suất theo tờ khai cũ như hướng dẫn tại Công văn 8621/TCHQ-TXNK mà hệ thống VNACCS/VCIS sẽ tự động cập nhật, tính theo tỷ giá, thuế suất tại thời điểm đăng ký tờ khai mới thì thực hiện như thế nào?

Thứ 3, khi đăng ký tờ khai mới thì hệ thống VNACCS/VCIS sẽ thực hiện phân luồng Xanh, Vàng, Đỏ như các tờ khai thông thường thì thực hiện kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế như thế nào? Có những trường hợp hàng hóa không còn nguyên trạng lúc nhập khẩu vì đã qua giai đoạn sản xuất, chế biến thì kiểm hóa sẽ không đúng với khai báo. Với số lượng tờ khai của các đối tượng này rất lớn nếu thực hiện tập trung trong một thời gian ngắn thì rất bất hợp lý, cơ quan Hải quan không thể bố trí nguồn lực để thực hiện được. Tại các địa phương, có một số doanh nghiệp đã có văn bản phản ánh, không đồng tình và xin được cho phép tiếp tục theo dõi làm thủ tục thanh khoản, không thu thuế, hoàn thuế theo các quy định có hiệu lực trước ngày 01/09/2016 mà không phải thực hiện kê khai tờ khai thay đổi mục đích sử dụng như hướng dẫn của Tổng cục Hải quan và Bộ Tài chính. Hoặc nếu thực hiện miễn thuế thì thực hiện thủ tục đơn giản hơn, có thể thực hiện miễn thuế trực tiếp trên tờ khai cũ mà không cần mở tờ khai thay đổi mục đích sử dụng đối ứng như hướng dẫn hiện nay, rất mất thời gian và nguồn lực để thực hiện.

Về vấn đề này, Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan cần sớm có hướng dẫn phù hợp với thực tế, kịp thời để các doanh nghiệp và hải quan địa phương thực hiện./.